巧克力囊肿的治疗方法
对于小于8cm的巧克力囊肿可以进行药物治疗，使其缩小至完全消失；而对于较大的则以手术治疗为先，以防其因身体运动引起缔结扭转或破裂。另外，口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
现在可以采用最先进的腹腔镜，该技术使用冷光源提供照明，将腹腔镜镜头（ 直径为3-10mm）插入腹腔内，运用数字摄像技术使腹腔镜镜头拍摄到的图像通过光导纤维传导至后级信号处理系统，并且实时显示在专用监视器上。
然后医生通过监视器屏幕上所显示患者器官不同角度的图像，对患者的病情进行分析判断，并且运用特殊的腹腔镜器械进行手术。
手术时，只需要在患者腹部打开3个0．5～1cm的小孔。恢复后，仅在腹腔部位留有1-3个0．5-1厘米的线状疤痕，只有钥匙孔大小，可以说是创面小，痛楚小的手术。Stryker腹腔镜手术的开展，减轻了患者开刀的痛楚，同时使患者的恢复期缩短，并且相对降低了患者的支出费用，，最关键的是能够有效保留输卵管，输卵管保留率达95．65%，为今后生育创造有利条件，非常适合有生育要求的女性。
巧克力囊肿的术后调养
巧克力囊肿治疗之后又很容易复发，无论是保守治疗还是药物治疗，效果均不太理想，而根治手术又不适合想要生小孩的女性，所以此病不但治疗棘手而且给患者带来巨大痛苦。
如果不能怀孕的妇女，如痛经则可以口服避孕药，卵巢抑制是好办法。有人说，原本就担心雌激素刺激，避孕药不是含有雌激素吗？虽然避孕药含有激素，但外来的激素不足以影响到巧克力囊肿的生长。
巨大内膜囊肿、估计有广泛肠黏连、需进行肠切除术或判定为很复杂的手术以开腹手术为宜。对于不想生育，且接近停经的妇女，则可以考虑切除子宫和卵巢，以达到一劳永逸的目的。
